Fernando Capez afirma que a incompetência, mesmo relativa pode ser conhecida de ofício no processo penal, ao contrário do que ocorre no processo civil. É o que decorre do art. 109 do CPP: "Art. 109. Se em qualquer fase do processo o juiz reconhecer motivo que o torne incompetente, declará-lo-á nos autos, haja ou não alegação da parte, prosseguindo-se na forma do artigo anterior".
O autor, no entanto, adverte que o STJ entende em sentido contrário, aplicando a sua súmula 33. Realmente, a jurisprudência do STJ é nesse sentido:
PROCESSUAL PENAL. HABEAS CORPUS. HOMICÍDIO QUALIFICADO E AMEAÇA, EM CONCURSO MATERIAL. PRISÃO PREVENTIVA. EXCESSO DE PRAZO E REVOGAÇÃO DA CUSTÓDIA CAUTELAR. SUPERVENIÊNCIA DA SENTENÇA DE PRONÚNCIA.
PREJUDICADO. INCOMPETÊNCIA DO JUÍZO. COMPETÊNCIA TERRITORIAL.
NULIDADE RELATIVA. EXCEÇÃO DE INCOMPETÊNCIA NÃO-ARGUIDA. PRECLUSÃO.
ORDEM PARCIALMENTE CONHECIDA E, NESSA EXTENSÃO, DENEGADA.
1. Proferida sentença de pronúncia, resta prejudicado o pedido de reconhecimento de excesso de prazo e de revogação da segregação cautelar, haja vista a não-juntada do novo título aos autos.
2. Tratando-se de incompetência relativa, não tendo a defesa oposto a devida exceção, no prazo legal, resta operada a preclusão, prorrogando-se a competência firmada. Precedentes do STJ.
3. A incompetência relativa não pode ser declarada de ofício (Súmula 33/STJ).
4. Ordem parcialmente conhecida e, nessa extensão, denegada.
(HC 95.722/BA, Rel. Ministro ARNALDO ESTEVES LIMA, QUINTA TURMA, julgado em 01/12/2009, DJe 01/02/2010)
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CRIMINAL. HC. TORTURA. HOMICÍDIO QUALIFICADO. OCULTAÇÃO DE CADÁVER.
COMPETÊNCIA TERRITORIAL. NULIDADE RELATIVA. EXCEÇÃO DE INCOMPETÊNCIA NÃO ARGÜIDA. PRECLUSÃO. PRORROGAÇÃO DA COMPETÊNCIA FIRMADA.
IMPOSSIBILIDADE DE DECLARAÇÃO DE OFÍCIO. SÚMULA N.º 33/STJ. ORDEM DENEGADA.
A regra do art. 70 do Código de Processo Penal é de que a competência será determinada pelo lugar em que se consumou a infração.
A competência territorial é matéria que gera nulidade relativa, não devendo ser reconhecida de ofício, mas argüida em momento oportuno, por meio de exceção de incompetência do Juízo, ou seja, no prazo de defesa.
Tratando-se de incompetência relativa, não tendo a defesa oposto a devida exceção, no prazo legal, resta operada a preclusão, prorrogando-se a competência firmada. Precedentes.
A incompetência relativa não pode ser declarada de ofício (Súmula 33/STJ).
Ordem denegada.
(HC 51.101/GO, Rel. Ministro GILSON DIPP, QUINTA TURMA, julgado em 02/05/2006, DJ 29/05/2006, p. 277)